graphviz (Graph Visualization Software)是贝尔实验室鼓捣出来的一个用来展示结构化信息的软件。有一个对应的Rgraphviz包，学习一下，这是一个用来画系谱图的好工具。
Rgraphviz包现在已经被收录到Bioconductor平台，不在cran中，因此正常的安装包的流程无法获取该包。需要根据Bioconductor的安装指令进行安装：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rgraphviz")1. Graphviz的简单说明
这个软件包可以生成各种图像格式的文件，以及SVG文件，可以用于web网络展示；也可以生成PDF文件。
graphviz 中国包括了很多布局器：
- dot 默认的布局方式，主要是用于有向图。（画系谱，这应该是一个主要布局方式）
- neato 基于spring-model（又称force-based）算法
- twopi 径向布局
- circo 圆环布局
- fdp 无向图
graphviz默认使用一种dot语言来定义图形元素，然后选择上边的布局算法进行布局，最后生成结果。
大体步骤如下： 1. 利用dot脚本，定义一个图，然后向图中，添加节点和边。 2. 定义节点和边各自的属性，比如形状、颜色、填充模式、字体等。 2. 使用布局引擎，调用布局算法，绘制图形。
graphviz中三个基本的元素：图（graph）、节点（node）和边（edge） 参考一篇blog，关于graphviz的入门说明。
2. 初窥Graphviz
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE,fig.align = "center")
suppressPackageStartupMessages(require(Rgraphviz))set.seed(123)
v <- letters[1:10] #储存节点
m <- 1:4 #
g1 <- randomGraph(v,m,0.2)不同的布局样式，默认是有向图。
plot(g1)
Figure 1: <U+9ED8><U+8BA4><U+7684><U+6709><U+5411><U+56FE>(dot)
第二种布局：neato
plot(g1, "neato" )
Figure 2: <U+7B2C><U+4E8C><U+79CD><U+5E03><U+5C40>(neato)
第三种布局，twopi：
plot(g1, "twopi" )
Figure 3: <U+7B2C><U+4E09><U+79CD><U+5E03><U+5C40>(twopi)
3. 从头开始画一个图
#定义节点
nodes <- c("A","B","C","D","E","F","G")
#生成一个简单的系谱图
rEG <- new("graphNEL",nodes=nodes,edgemode="directed")
rEG <- addEdge(from="A",to = "B",graph = rEG,weights = 1)
rEG <- addEdge(from="A",to = "C",graph = rEG,weights = 2)
rEG <- addEdge(from="B",to = "D",graph = rEG,weights = 3)
rEG <- addEdge(from="B",to = "E",graph = rEG,weights = 10)
rEG <- addEdge(from="C",to = "F",graph = rEG,weights = 3)
rEG <- addEdge(from="C",to = "G",graph = rEG,weights = 10)
#从上望下画
plot(rEG,attrs=list(graph=list(rankdir="TB"))) #TB from top to bottom
Figure 4: <U+6700><U+7B80><U+5355><U+7684><U+56FE>
从下往上画，更符合系谱图的惯例
plot(rEG,attrs=list(graph=list(rankdir="BT"))) #BT from bottom to top
4. 调整节点的颜色
plot(rEG,attrs=list(node=list(color="deepskyblue4",fontcolor="orange",fillcolor="deepskyblue4"),graph=list(rankdir="BT"))) #BT from bottom to top
5. 调整节点的形状
plot(rEG,attrs=list(node=list(shape="ellipse",color="deepskyblue4",fontcolor="orange",fillcolor="deepskyblue4"),graph=list(rankdir="BT"))) #BT from bottom to top
6. 调整边的颜色
plot(rEG,attrs=list(node=list(color="deepskyblue4",fontcolor="orange",fillcolor="deepskyblue4"),edge=list(color="deepskyblue4"),graph=list(rankdir="BT"))) #BT from bottom to top