如何将Rmd文档输出为PDF，一直是一个挑战性的工作，我在windows系统上就没有成功过。主要是搞不定巨大的tex安装包。不过最近有个好消息，yihui开发了tinytex包，自动化了tex包的安装和配置工作。目前，这个包已经挂在cran上，可以通过rstudio安装。
安装tinytex后，在Rstudio中有以下2点需要配置：
- 点击Tools菜单-> Global Options-> sweave：typeset LaTeX into PDF using: 修改为XeLaTeX。
- knit Output Options部分，在Advanced中注意同样选择为XeLaTex。
文件中如果包括中文，有两个方面需要注意：
1. 文本中包括中文
参考这个链接，进行如下设置：
\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{simsun.ttc} % 字体可以更换把上述代码单独保存为一个文件，如header.tex，注意与Rmd文件在同一个路径下。其作用貌似是调用xeCJK包，中文字体设置为宋体。如果tinytex检测到系统中没有安装xeCJK包，那么会自动下载安装。
但是尝试了一下，好像tinytex自动安装xeCJK存在问题，包的名称应该全部是小写。在Rstudio的console中手动安装，注意xecjk需要全部为小写。
tinytex::tlmgr_install(“xecjk”)
ps: 安装了rmarkdown最新开发版，上述问题就解决了：devtools::install_github("rstudio/rmarkdown")
然后，在新建立的Rmd文档中YAML头中，设置包括header.tex文件：
output:
pdf_document:
includes:
in_header: header.tex
keep_tex: yes
latex_engine: xelatex